要彻底清除苹果手机浏览器的深层网站离线缓存与Cookie，可以按照以下步骤操作：
1. 打开手机浏览器，进入设置或选项菜单。
2. 找到“隐私”或“安全”选项，点击进入。
3. 在隐私或安全设置中，找到“网站数据”或“Cookies”选项。
4. 点击“清除数据”或“删除所有网站数据”。
5. 等待浏览器清理完成后，重新访问需要清除缓存的网站。
此外，还可以使用第三方清理工具来清除浏览器缓存和Cookie。以下是一些常用的清理工具：
1. Clean Master（清理大师）：一款功能强大的手机清理工具，可以清除浏览器缓存、Cookie、应用缓存等。
2. 腾讯手机管家：一款综合性的手机管理软件，提供了清理缓存、Cookie等功能。
3. 360手机卫士：一款综合性的手机安全软件，提供了清理缓存、Cookie等功能。
请注意，在使用第三方清理工具时，请确保来源可靠，避免下载恶意软件。